Un apprenti en arrêt maladie peut-il suivre ses cours ? Ce que dit la loi #

La reconnaissance de l’arrêt maladie pour l’apprenti : droits et responsabilités #

Le contrat d’apprentissage accorde à l’apprenti le même statut que tout autre salarié sur les volets liés à la sécurité sociale et à la protection maladie. Dès qu’une pathologie ou un accident requiert un arrêt de travail, l’apprenti a la possibilité d’en bénéficier selon les conditions générales du droit du travail. L’arrêt doit être prescrit par un médecin, et se traduit par un certificat médical qui précise la durée de l’indisponibilité.

• Transmission des documents : Le certificat médical doit être envoyé à la CPAM dans un délai de 48 heures, sous peine de perte de droits ou de sanctions sur les indemnités journalières.
• Obligation d’information : Une copie doit être adressée à l’employeur et au CFA pour justifier l’absence aux cours et au sein de l’entreprise.
• Indemnités : Les sommes versées pendant l’arrêt sont similaires à celles des autres salariés, sous réserve d’avoir effectué un minimum de 150 heures de travail dans les 3 mois précédant l’arrêt.

Un apprenti en arrêt maladie bénéficie donc des mêmes garanties que tout salarié. L’absence de transmission rapide des documents peut conduire à une suspension, voire à une diminution des indemnités prévues par le régime général.

Arrêt maladie et poursuite des enseignements : la décision du médecin #

La logique du droit du travail conduit à considérer qu’aucune activité, y compris la formation théorique, n’est autorisée durant un arrêt de travail. Cependant, la législation prévoit une exception précise : si le médecin prescripteur mentionne expressément l’autorisation de se rendre aux cours, l’apprenti peut poursuivre sa formation théorique, en présentiel ou à distance, selon les modalités compatibles avec son état de santé. Cette mention doit figurer dans la partie du certificat médical réservée aux « activités autorisées » ou « sorties autorisées ».

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• L’accès aux cours ne peut se faire sans cette dérogation explicite.
• La responsabilité de cette décision incombe uniquement au médecin prescripteur, non à l’établissement ou à l’employeur.
• En 2024, la CPAM de Paris a précisé que certains arrêts stipulaient explicitement la possibilité pour l’apprenti de suivre la formation à distance selon le dossier médical examiné.

On distingue ainsi deux cas concrets :
Arrêt avec interdiction totale d’activité (aucun cours possible, passage d’examen interdit) et
arrêt avec autorisation de poursuite pédagogique (présence possible selon modalités fixées par le médecin).

Procédure à suivre pour concilier arrêt de travail et présence en cours #

La mention « sorties autorisées » revêt un caractère technique déterminant. Elle doit être indiquée noir sur blanc par le médecin lors de la rédaction de l’arrêt de travail. Si cette autorisation est accordée, il revient à l’apprenti de communiquer rapidement la décision à ses interlocuteurs administratifs.

• Transmettre le certificat médical à l’employeur et au CFA, pour permettre l’organisation adaptée de la formation.
• En l’absence de mention spécifique, respecter scrupuleusement l’interdiction de présence sous risque de sanctions (perte d’indemnités, avertissement professionnel).
• En juin 2024, la Direction régionale de l’Apprentissage d’Île-de-France a mis à disposition des formulaires types afin de fluidifier la communication entre apprentis, médecins et organismes de formation.

Le respect de ces démarches évite toute contestation ultérieure, qu’il s’agisse d’un litige avec l’employeur ou d’un contrôle de la CPAM. La présentation du document médical fait foi en cas de contrôle administratif.

Impact sur la rémunération et les indemnités de l’apprenti #

D’un point de vue pratique, la rémunération perçue pendant l’arrêt maladie varie selon la situation administrative et médicale. Pendant toute la durée d’un arrêt maladie, l’apprenti relève du régime général des indemnités journalières, sous réserve que le certificat soit en règle.

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• Lorsqu’une autorisation médicale de présence en cours est mentionnée, l’employeur doit payer les heures de formation suivies au CFA, en plus des indemnités journalières, selon une note de la CPAM de 2025.
• À défaut d’autorisation, chaque présence en cours peut entraîner une suspension du versement des indemnités, voire une pénalité pour l’organisme de formation ou l’employeur.
• En février 2025, un CFA du Rhône a été cité dans un rapport IGAS pour avoir continué à comptabiliser des heures de formation d’apprentis en arrêt maladie sans mention médicale ; cela a mené à un redressement URSSAF.

La conformité du bulletin de paie doit être vérifiée : il est recommandé aux services RH de bien distinguer les heures d’absence pour maladie des heures de présence en formation autorisées.

Conséquences financières selon la situation

Situation administrative	Régime applicable	Effet sur la rémunération
Arrêt maladie, sans autorisation de présence	Indemnités journalières seules	Rémunération suspendue, IJSS seulement
Arrêt maladie, avec autorisation de suivre les cours	Heures de formation payées + IJSS	Congé maladie, mais les heures de cours sont rémunérées par l’employeur

Cas particuliers et recommandations pour les apprentis et employeurs #

L’application de la législation sur l’arrêt maladie en apprentissage requiert une attention particulière lors de situations spécifiques : maladies longues, pathologies chroniques, accidents du travail, ou examens programmés. Certains CFA, comme celui de Strasbourg, ont instauré en 2024 un protocole interne permettant aux apprentis en arrêt longue durée de bénéficier d’un accompagnement individualisé, via cours en visioconférence, sous réserve d’autorisation médicale.

• Conseils pratiques pour l’apprenti : solliciter systématiquement le médecin sur la possibilité de suivre les cours, garder une copie numérisée du certificat, actualiser l’administration du CFA sur chaque évolution du dossier médical.
• Bonnes pratiques pour l’employeur : privilégier une communication transparente, vérifier la légalité de toute présence en formation, accompagner l’apprenti dans ses démarches administratives.
• Pour le CFA : mettre en place des outils numériques et des dispositifs d’accueil adaptés pour les apprentis bénéficiant d’une autorisation spéciale.

Notre avis est clair : il convient de systématiser la consultation du médecin sur le maintien du lien pédagogique, tout en respectant à la lettre les prescriptions du certificat d’arrêt de travail.

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Conséquences pour la scolarité et l’obtention du diplôme en cas d’arrêt maladie prolongé #

Un arrêt maladie étendu peut menacer le parcours pédagogique et, in fine, l’obtention du diplôme. Dès lors qu’une reprise partielle de la formation est autorisée par le médecin, l’apprenti limite considérablement le risque de retard académique. En 2023, plusieurs CFA franciliens ont recensé des taux de réussite supérieurs à 95 % chez des apprentis ayant bénéficié d’un maintien partiel de la formation malgré un arrêt médical de plus de 30 jours.

• Les CFA peuvent proposer des regroupements de rattrapage pour les apprentis ayant connu une interruption totale et non autorisée de la formation.
• L’aménagement du calendrier d’examens est possible sur présentation d’un justificatif détaillé de l’impossibilité médicale, comme cela a été mis en œuvre lors de la session 2024 dans des secteurs tels que l’hôtellerie-restauration.
• En cas de rupture prolongée sans présence autorisée, un plan d’accompagnement individualisé, validé par le CFA, l’employeur et la médecine du travail, assure le maintien de la trajectoire vers le diplôme.

Nous estimons que la coordination entre les parties prenantes doit être renforcée lors de situations de maladie, pour éviter tout préjudice au parcours professionnel de l’apprenti.